Des experts en statistiques (biologie)?
Sujet commencé par : Sa_Black_Rah - Il y a 44 réponses à ce sujet, dernière réponse par laureBrrrrrPar Sa_Black_Rah : le 03/12/15 à 20:55:13
| Dire merci | Bonsoir tout le monde! Ceci est un appel au secours!!!  Pour résumer: je suis en train d'essayer de finir mon projet de master en sciences animales. Donc, j'ai bien fait toute ma petite expérience, j'ai tous mes petits fichiers Excel avec mon résultats, sauf que... J'ai envoyé un mail au prof qui fait des statistiques à la fac et ça reste sans réponse! Inutile de dire que sans mes stats, je ne peux plus avancer... Evidemment, je suis une buse sur le sujet, donc je ne me sens pas de choisir les tests dont j'ai besoin et j'aurai besoin d'un grand coup de main! Y'aurait il une âme charitable, experte en la matière, qui pourrait m'aider à faire mes stats? En échange: ma gratitude éternelle et votre nom dans les remerciements!  |
DéconnectéPar sabah12 : le 03/12/15 à 20:59:57
| Dire merci | Je veux bien t'aider  Mais déjà est-ce que tu te sers d'un logiciel de stats tel que R (ô dieu tout puissant) ? Parce que là si tu as tes résultats éparpillés dans plusieurs fichiers excel ça va être comment dire ... la merde  Message édité le 03/12/15 à 21:02 Message édité le 03/12/15 à 21:04 |
Par Sa_Black_Rah : le 03/12/15 à 21:09:46
| Dire merci | On bossait avec SPSS à la fac. J'avais essayé R... J'ai rapidement laissé tomber! (Déjà que je suis nulle en stats... Si en plus le logiciel est pas ultra simple à utiliser)En fait, j'ai deux fichiers Excel pour mes résultats (un qui contient mes résultats de biomécanique, et un qui contient les résultats obtenus avec mon tensiomètre). Il va falloir les réorganiser légèrement pour pouvoir les utiliser en statistiques je pense, mais je doute que ce soit vraiment drastique. |
Par sabah12 : le 03/12/15 à 21:13:45
| Dire merci | Je connais pas ton logiciel. Oui R est assez chatouilleux, il faut savoir lui causer Pour t'aider il faudrait que tu m'envoies ton protocole et tes résultats je pourrais te guider sur les tests à utiliser, si j'y arrive ce qui est bête c'est que j'ai plus R installé sur mon PC sinon j'aurais fait les tests et tu aurais pu comparer. Mais déjà si j'arrive à te guider sur les tests tu n'auras plus qu'à appliquer. |
Par Sa_Black_Rah : le 03/12/15 à 21:16:58
| Dire merci | Est ce que tu pourrais m'envoyer ton mail (histoire que je puisse t'envoyer tout ça)? Merci beaucoup en tout cas!  |
Par sabah12 : le 03/12/15 à 21:20:25
| Dire merci | Mp envoyé |
Par laureBrrrrr : le 03/12/15 à 21:28:21
| Dire merci | regarde aussi sur les cours de biostat de la fac de Besançon tu dois pouvoir trouvé le tableau de choix des test stat en fonction de ton type de données. |
Par paquerette20 : le 03/12/15 à 21:45:54
| Dire merci | J'utilise R et Statistica ... Mais ça dépend de ton objectif car avec excel stat y'a déjà pas mal de choses (je kiffe les boites à moustaches perso lol) , et ça facilite pas mal les choses quand on a justement des fichiers excel à droite et à gauche |
Par paquerette20 : le 03/12/15 à 21:46:48
| Dire merci | pardon XLstat. |
Par Sa_Black_Rah : le 03/12/15 à 22:37:09
| Dire merci | Merci Laure, je vais regarder!  Je sais que pour mon bachelor, j'avais du faire plusieurs ANOVA. Clairement Excel était limité sur le sujet! J'ai eu tous mes cours sur SPSS qui est facile à utiliser... Ma mère a du utiliser R quand elle est retournée à la fac, elle vient de me dire "laisse tomber, si t'as le malheur de te planter avec un seul caractère, t'es foutue".Au pire, je sais que je peux aller à la fac pour utiliser SPSS... Je risque juste de venir encore pleurer ici pour vérifier que mes résultats sont biens ceux que je pense! Oui oui, je suis une vraie buse en stats.... |
Par paquerette20 : le 03/12/15 à 23:18:12
| Dire merci | Les analyses de variance, avec XL stat c'est pourtant moins complexe qu'avec les autres logiciels de stat... Je parle bien du module complémentaire à excel ... Pas d'excel "de base" Voilà un tuto pour l'utilisation d'XL stat par exemple Lien Moi j'arrive à faire toutes mes stat de base avec sauf les ACP et AFC. |
Par bilou01 : le 03/12/15 à 23:34:57
| Dire merci1 | En effet avec XLstat les analyses de variance ça devient une partie de plaisir !!! Tu peux avoir une version d essaie gratuite pdt un mois! Après t as Rstudio qui est un peu plus sexy que juste R. Sinon il y a aussi SAS, mais ca te donne pas les graphiques les plus sympas! |
Par BountyB : le 04/12/15 à 00:59:39
| Dire merci | Faire un master en bio sans maîtriser un minimum R et les stats, ça me paraît bancal quand même. Faire une anova sur R, c'est quand même la base quoi... C'est pas comme si on te demandait de créer tes propres pipelines... Et puis y a des milliers de tutoriels sur R... Enfin désolée, c'est un coup de gueule qui ne te sert à rien. Donc va télécharger le pdf qui s'appelle Aide-mémoire de statistiques appliquées à la biologie, de Maxime Hervé, et ça devrait régler tous tes problèmes. |
Par paquerette20 : le 04/12/15 à 09:45:29
| Dire merci | Faire un master en bio sans maîtriser un minimum R et les stats Y'a toujours quelqu'un pour faire la moral  Perso j'ai fait la fac de Besançon en 5ème année, et forcément, R ayant été développé par Rennes, par principe, on ne l'utilisait pas, c'était boycotté par les prof à l'époque (mais vu les stagiaires de Besac que j'ai eu depuis, j'ai pas l'impression que ça ait changé )J'ai appris à utiliser R uniquement le jour où un client m'a demandé d'avoir un résultat sur fichier R sinon jamais je n'aurais utilisé et utiliserai ce logiciel ... Mais on ne parle que de sacro-saint logiciel alors que franchement, y'a plus simple et plus abordable |
Par Cliona : le 04/12/15 à 09:48:27
| Dire merci |  je savais pas qu'il fallait être bilingue pour lire les sujets sur le fofo j'ai RIEN compris à ce que j'ai lu  |
Par BountyB : le 04/12/15 à 15:31:26
| Dire merci | Après que ce soit R ou Matlab, peu importe. C'est pas une question de savoir utiliser R en particulier, c'est une question d'avoir un minimum de notions en scripts en sortant de fac de sciences. On a une pellée de biologistes qui sortent avec un master un poche, et qui ne maîtrisent ni les scripts, ni un minimum de stats, et je trouve qu'à ce niveau les facs ne font pas leur job. Mais bon quand on sait que certains sortent de thèse avec les mêmes lacunes... |
Par Sa_Black_Rah : le 04/12/15 à 22:07:05
| Dire merci | J'adore les gens qui se permettent de juger sans savoir ou qui n'apporte rien à la discussion... Voire les deux d'ailleurs! Alors autant, je suis parfaitement d'accord pour dire que j'ai un niveau zéro en codage, autant les stats, j'ai quand même un minimum de base. Je me le cache pas: c'est loin d'être mon point fort, et loin d'être un sujet sur lequel je me sens en parfaite confiance. Qui plus est, c'est pas un truc que j'utilise au quotidien... Donc ce que j'ai pu apprendre en cours il y a deux ans, ça m'est en grande partie ressorti de la tête! Mais bon, si ça peut te rassurer: vu la conjoncture économique, je suis pas prête de trouver du boulot dans ma branche! Et clairement, j'en regrette de m'être fait ch*er à faire 5 ans d'études! Allez, ça fera une mauvaise biologiste de moins à recruter....... |
Par paquerette20 : le 04/12/15 à 22:30:32
| Dire merci | Honnêtement, les stats j'ai quand même largement pu bosser sans ... Et si on veut un bon en stat bah on embauche un statisticien |
Par sabah12 : le 04/12/15 à 22:47:01
| Dire merci | Donc ce que j'ai pu apprendre en cours il y a deux ans, ça m'est en grande partie ressorti de la tête! Je compatis c'est le genre de truc qu'on a envie d'oublier très très vite, aucun effort à faire remarque, ça s'évapore tout seul Mon homme m'a traumatisée avec ses ACP, maintenant je vois de ça partout |
Par Ludivine73 : le 04/12/15 à 23:20:22
| Dire merci1 | @BountyB Ben tous les biologistes d'il y a 10 ans te remercie de passer pour des vieux ringards . Les logiciels stats , genre R au hasard existent depuis quand ? de façon populaire j'entends ? 2000 à tout péter et on sait bien que le temps que ça arrive dans les programmes scolaires c'est 10 ans et le temps que ça sortent sur le marché du travail ben c'est 5 ans plus tard nous voilà en 2015 .Je te rejoins l'éducation nationale ne fait pas son taf ... est-ce bien nouveau ? Bref je t'incite à parcourir ces deux résumés qui m'ont sauvé la vie en tant que biologiste grave quiche en stats sans l'envie de faire le moindre effort (et en plus c'est drôle), de l'excellent Dr Poinsot : Statistiques pour statophobes Lien R pour statophobes : Lien Message édité le 04/12/15 à 23:21 |
Par bilou01 : le 05/12/15 à 10:09:35
| Dire merci1 | ludivine73 merci pour ces 2 liens!! C'est toujours intéressant à lire!! |
Par Sa_Black_Rah : le 06/12/15 à 21:42:39
| Dire merci | Merci pour ton lien ludivine73 ! J'y ai jeté un oeil et ça a l'air compréhensible donc je vais m'y attaquer... Là j'ai bien fait mumuse pour commencer à ré-organiser mes résultats (la joie!). Spoiler
Quand je me dis que ça devait être rendu il y a six mois!
 |
Par Medina : le 06/12/15 à 22:48:52
| Dire merci1 | je rejoins paquerette20 , y a quand mm moyen (surtout en master) d'être largement satisfaite par XLstat . Après c'est vrai que R faut coder mm s' il crache quand mm des trucs pointus ... mais pour faire une ANOVA à plusieurs facteurs, XLstat te le fais tb. Apres pour R , déjà cité Rstudio, sinon si tu peux pas télécharger tu peux appeler Rcmdr sous R : c'est grosso merdo le même truc sexy que Rstudio (je bosse sous les 2 moi perso). Faut juste charger le package Rcmdr bonne bourre |
Par Sa_Black_Rah : le 06/12/15 à 22:59:41
| Dire merci | Vu que j'ai encore tous mes cours sur SPSS, je crois que je vais pas me compliquer la vie et utiliser ça! J'ai réussi à le récupérer, faut juste l'installer maintenant. Mais merci pour la bonne bourre! J'ai fait rapidement des corrélations sur Excel tout à l'heure et j'ai peut être quelque chose.... ... on se motive comme on peut!!  |
Par Ramdam : le 07/12/15 à 22:45:35
| Dire merci | merci Ludidi suis pas biologiste mais dans ma branche on utilise aussi Rcmdr et SPSS |
Par Sa_Black_Rah : le 10/12/15 à 17:33:17
| Dire merci | Je viens de me remettre un peu à SPSS cet aprem... Bon, ça va que c'est pas le logiciel le plus compliqué au monde et relativement intuitif! (Vous me direz, pour le moment je n'ai fait que des trucs basiques genre calculer les moyennes de sous-sous-groupes et voir si mes données sont distribuées normalement! ) |
Par Medina : le 10/12/15 à 20:42:49
| Dire merci | c'est un bon début |
Par Sa_Black_Rah : le 10/12/15 à 20:58:40
Par laureBrrrrr : le 10/12/15 à 21:17:32
Par Sa_Black_Rah : le 10/12/15 à 22:31:03
| Dire merci |
Spoiler
Et je n'oublierai pas YouTube!
|
Par Sa_Black_Rah : le 07/01/16 à 15:00:02
| Dire merci | Bon, ben un mois après, je ne suis pas beaucoup plus avancée.... Ma collègue aux écuries (qui fait actuellement un Master de stats) me file un coup de main, mais a des soucis pour trouver LE test qu'il me faut car mes données ne sont pas totalement indépendantes (sinon, j'étais sur la bonne voie avec mes ANOVA à gogo). Et c'est quelque chose qu'elle n'a pas encore vu donc on attend une réponse de son prof... Spoiler
Cette histoire va se finir que je vais de toute façon faire au plus simple et argumenter que chaque combinaison cheval / cavalier est unique...
La prochaine fois, si c'est à refaire... Je penserai à mes stats AVANT de me lancer tête baissée dans un projet! |
Par Ludivine73 : le 07/01/16 à 15:27:38
| Dire merci | Toujours penser aux stats avant |
Par Sa_Black_Rah : le 07/01/16 à 15:45:04
| Dire merci | Remarque, j'en discutais avec ma dite collègue qui me racontait que pour sa licence, ils avaient prévu avec son tuteur les stats au moment de l'expérience. Ils s'attendaient à avoir un certain type de résultats... Au final, l'expérience leur a donnée des résultats totalement différents donc elle a fait ses stats à l'arrache car pas vraiment possible de traiter ses données! Et comme j'en discutais avec elle au téléphone hier, oui, j'aurai pu faire une expérience du même genre dans un environnement ultra contrôlé mais je n'en voyais pas l'intérêt... Si c'est pour sortir un truc du genre: "nous avons utilisé 5 chevaux monté par le même cavalier"... Voilà quoi! Là, j'ai des chevaux et des cavaliers d'horizon et de niveaux très différents et à mes yeux, c'est quand même plus pertinent. |
Par BountyB : le 08/01/16 à 14:09:11
| Dire merci | Si c'est pour sortir un truc du genre: "nous avons utilisé 5 chevaux monté par le même cavalier"... Voilà quoi! Là, j'ai des chevaux et des cavaliers d'horizon et de niveaux très différents et à mes yeux, c'est quand même plus pertinent. Oulààà, ça paraît mal barré de faire des stats sur ce genre de population... C'est quoi ton hypothèse de départ? Que tel paramètre est indépendant du type de cheval et du type de cavalier? Si tu partais sur une ANOVA, c'est parce que tes données sont ordinales? Il est aussi possible de faire une ANOVA sur échantillons non-indépendants, mais faut bidouiller un peu. Ou alors si c'est un test de corrélation, tu peux calculer le coefficient de corrélation de Kendall W. Mais seulement sur valeurs ordinales. Sur valeurs nominales, tu peux faire une ACM, mais je ne sais pas si c'est faisable avec des échantillons appariés. |
Par Sa_Black_Rah : le 14/01/16 à 13:19:25
| Dire merci | bountyb > Je citais ça pour l'exemple.... C'est pas le cas de mon expérience! Mais tu serais surprise de voir le nombre d'études en la matière où ils n'utilisent qu'un très petit nombre de chevaux et / ou cavaliers. Et en général, ce sont des chevaux de GP Dressage avec des cavaliers pros sur le dos... C'est intéressant, je ne dis pas, mais la pertinence du truc pour les cavaliers de tous les jours, tu la questionnes (même si j'imagine qu'à la base, c'est pas leur intention). Dans mon cas, j'ai 40 combinaisons (39 chevaux, 30 cavaliers => Certains cavaliers ont monté deux chevaux (voir 3 dans un cas), et dans un cas, le même cheval a été monté par deux cavalières différentes à deux occasions différentes). Et en gros, je mesure: - Position de la tête par rapport à la verticale, - Position de la tête par rapport au garrot, - Impulsion (cheval qui se juge, méjuge ou déjuge), - Résistance observée (oreille en arrière, cheval qui refuse d'avancer, qui se bat contre le mors...), - Tension des rènes (moyenne rène droite, moyenne rène gauche, moyenne des deux, tension maximale et tension minimale). Et en gros, j'ai 36'000 questions auxquelles je veux répondre.... Mon problème, c'est que j'ai parfois utilisé le même cavalier pour plusieurs chevaux (voir le même cheval dans un cas), et que par conséquent, mes données ne sont pas totalement indépendantes l'une de l'autre si je comprend bien (suis-je claire?). |
Par BountyB : le 14/01/16 à 15:01:10
| Dire merci | Et tu l'as fait comment, ton tableau de données? 1 ligne par échantillon (couple observé) et une colonne par paramètre? |
Par Sa_Black_Rah : le 14/01/16 à 17:27:01
| Dire merci | Oui! En sachant que j'ai 8 échantillons par cheval (4 où je demandais à ce que les chevaux soient montés sans contact et 4 où le cavalier devait prendre le contact). Ils devaient aussi répondre à un petit questionnaire pour voir comment ils ressentaient leurs chevaux (question du genre où était le chanfrein de votre cheval par rapport à la verticale, comment définiriez vous votre contact: non existent, léger, moyen, lourd; etc). |
Par Loustix : le 14/01/16 à 17:31:10
| Dire merci | Ah je viens de revoir des soirées entières à bosser sur "R".... On apprend à l'aimer ce logiciel à force ! |
Par BountyB : le 15/01/16 à 09:39:46
| Dire merci | Bon du coup tu peux mettre une colonne "contact" que tu remplis par oui ou non (ou 0 et 1). Une colonne pour chacune de tes mesures, et des colonnes pour le "ressenti" du cavalier, pour chacune des mesures. Ensuite tu peux déjà voir si le ressenti du cavalier est significativement différent des vraies mesures. Puis pour tes mesures, tu peux voir si certaines de tes mesures sont corrélées (est-ce que la position de la tête est corrélée avec la tension dans les rênes, par ex.), |
Par Sa_Black_Rah : le 15/01/16 à 23:11:36
| Dire merci | Tout ça est déjà fait, ainsi que ma liste d'hypothèses et de questions auxquelles je veux répondre! (Je suis pas partie tête baisser dans ce projet, après avoir du vendre un de mes reins au passage, sans savoir ce que je voulais démontrer )Mon seul et unique problème reste de savoir si je peux utiliser des ANOVA pour répondre à certaines de mes interrogations (d'ailleurs, ça risquerait davantage de se finir avec une MANOVA vu que j'ai d'autres critères qui rentrent en compte comme la discipline et le niveau du cavalier), ou si je dois chercher plus loin car on considère que mes données ne sont pas totalement indépendantes. |
Par laureBrrrrr : le 17/01/16 à 12:29:22
| Dire merci | tu as trouvé le tableau de chois statistique de l'université de Besançon ? |
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